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河野 秀俊; 今西 未来*; 根木 滋*; 辰谷 和弥*; 栄田 優衣*; 橋本 彩加*; 中山 千絵*; 二木 史朗*; 杉浦 幸雄*
FEBS Letters, 586(6), p.918 - 923, 2012/03
被引用回数：5 パーセンタイル：14.71(Biochemistry & Molecular Biology)We developed a rational scheme for designing DNA binding proteins. The scheme was applied for a zinc finger protein and the designed sequences were experimentally characterized with high DNA sequence specificity. Starting with the backbone of a known finger structure, we initially calculated amino acid sequences compatible with that expected structure and the designed fingers were experimentally confirmed their expected secondary structures. The DNA-binding function was then added to the designed finger by reconsidering a section of the amino acid sequence and computationally selecting amino acids to have the lowest protein-DNA interaction energy for the target DNA sequences. Among the designed proteins, one had a gap between the lowest and second lowest protein-DNA interaction energies that was sufficient to give DNA sequence-specificity.
徳永 廣子*; 石橋 松二郎*; 有坂 文雄*; 新井 栄揮; 黒木 良太; 荒川 力*; 徳永 正雄*
FEBS Letters, 582(7), p.1049 - 1054, 2008/04
被引用回数：17 パーセンタイル：40.45(Biochemistry & Molecular Biology)ヌクレオシド二リン酸化キナーゼ(NDK)は、中度好塩菌
由来HaNDKの場合は2量体を形成し、通常細菌
由来PaNDKの場合は4量体を形成する。しかし、HaNDKのGlu134にAlaを変異導入すると4量体を形成するようになり、PaNDKのAla134にGluを変異導入すると2量体を形成するようになった。この結果は、134番目のアミノ酸一残基のみの置換でNDKの複合体構造を変換できることを意味する。中度好塩菌
由来NDKの結晶構造に基づいて作製したHaNDKとPaNDKの分子モデルからは、Glu134による反発的相互作用が4量体中の2量体-2量体間の分裂を促すことが判明した。
川合 真紀; Pan, L.*; Reed, J. C.*; 内宮 博文
FEBS Letters, 464(3), p.143 - 147, 1999/12
被引用回数：125 パーセンタイル：93.25(Biochemistry & Molecular Biology)Bax Inhibitor-1 (BI-1)遺伝子はYeastにおけるBax誘導性の細胞死を抑制する新規因子としてXu and Reed(1998)によって動物で報告された。植物の細胞死メカニズムを解析する足がかりとして、われわれは植物のBI-1遺伝子をアラビドプシス(AtBI-1)及びイネ(OsBI-1)より単離した。植物BI-1遺伝子は動物と同様、6または7つの膜貫通領域を有する膜タンパク質であり、アミノ酸レベルで動物遺伝子とは約42%、イネ、アラビドプシス間では約70%の相同性を示した。植物BI-1遺伝子の機能を調べるため、ガラクトース誘導性のBax遺伝子を有する酵母(QX95001)にアラビドプシスBI-1遺伝子を導入し、Bax誘導性細胞死の抑制効果を調べた。その結果、ガラクトース培地上で、発現ベクターのみ(コントロール)を持つ株は増殖できなかったが、BI-1遺伝子を有する株は増殖が可能であった。すなわち、植物BI-1遺伝子は動物と同様、酵母におけるBax誘導性細胞死を抑制する活性を有することが確認された。
坂口 肇*; 広瀬 茂久*; 久米 民和; 萩原 啓実*
FEBS Letters, 305(2), p.144 - 146, 1992/06
被引用回数：3 パーセンタイル：8.53(Biochemistry & Molecular Biology)アンジオテンシン変換酵素(ACE)は、血圧調節の鍵となる重要な酵素である。ACEは肺に多量に存在する他、睾丸にも存在することが知られている。睾丸ACEの分子量は約8万であるのに対し、肺ACEの分子量は約15万で、非常に高いボモロジー(約90%)を持つ2つのドメインからなることが報告されている。そこで、放射線失活法を用いて、実際に肺と睾丸で発現しているACEの活性ユニットのサイズを測定した。失活曲線のD
線量から、肺ACEのサイズは14万、睾丸ACEは74,000と求められた。この結果から、肺ACEの活性発現には2つのドメインが必須であり、しっかりと結合していることが示唆された。
